寒い日が続いていますが、 植物生命科学科の各研究室では卒業研究が佳境を迎え、４回生が熱い日々を過ごしています。学科の卒業研究発表会まで残り二ヶ月、各研究室の卒業研究の様子をリレー形式でお伝えしようと思います。植物生命の各研究室ではどんな研究をしているのでしょうか？
【データから生命や農業の新たな知識を得る】
生命データ科学研究室（小野木）では、生命や農業に関係するデータの解析を通して新たな知識を得ることを目的としています。そのためゼミはデータ解析の手法や技術を身に付けることに主眼が置かれます。
3年生のゼミの様子です。この回はベイズ推定という統計学の一つの枠組みについて、パソコンを使った演習を交えて説明を受けています（難しかったようですが・・・）。
ゼミ生は週一回のゼミや課題をこなしつつ、少しずつRのプログラミングを習得していきます。
ではどのような研究をしているか、具体例として4年生の寺本さんの卒業研究を紹介します。この研究ではダイズの品種改良で得られた過去55年分のデータを用いて、DVR（developmental rate）モデルという作物の開花期を予測するための数理モデルを最適化しました。DVRモデルは以下のような式をしています。
このパラメータの最適化はコンピュータで行うのですが難しいことが知られています。そこで最適化の手法としてNelder-Mead法・群粒子最適化法・遺伝的アリゴリズムを比較し、どの手法が最もよいか調べました。結果、群粒子最適化法による最適化が僅かな差であるものの、最も良い開花日予測を与えることがわかりました。
Rスクリプトの例
またパラメータの最適化は品種ごとに行うため、最適化されたパラメータ値は品種の特性も表します。日本の多数の品種について最適化をしたところ、品種の適応地域によりパラメータ値に傾向があることもわかりました。以上の結果は作物学的に興味深く、現在寺本さんとともに投稿論文を準備しているところです。
（小野木）
