RNA-seqは次世代シーケンサーを利用した網羅的な遺伝子発現の定量方法の一つです。以前は次世代シーケンサーの配列決定コストが高額で、得られた解析データはUNIXコマンドラインでの作業が必要となり、敷居が高いという印象がありました。しかし近年になって受託解析の費用が下がってきたので、私たちの研究室でも実験植物であるタバコのRNAサンプルを用いて、RNA-seqの受託解析を依頼してみました。RNAサンプルを送付してから1カ月強で解析完了の連絡があり、サーバから解析データをダウンロードしました。データ解析は、ウェブ上で動作するGalaxyという開かれたシステムを利用することで、UNIXコマンドラインを用いずとも様々な解析ツールを実行することができます。Galaxyを用いたウェブサイトは数多く存在しますが、私たちは農研機構が運営しているGalaxy/NAACを利用しています。このようなサービスを利用することで、高性能なPCがなくても膨大なデータの解析をウェブ上で実行できるようになりました。
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| タバコゲノムにマッピングされたシーケンスリードをIGVゲノムブラウザで表示している |
（植物育種学研究室 三柴）
